發布日期：2019-01-28

　　編者按 基因測序技術是現代分子生物學研究中最常用的技術，從1977年第一代測序技術出現至今，取得了重大進展；尤其以高通量為特點的第二代測序技術，正在逐步應用于臨床檢驗檢測中。本文通過分析對比基因測序技術在臨床檢驗領域的應用及國內外監管現狀，對我國的基因測序技術產業發展方向和標準建設進行了探討。

　　基因測序技術是分子生物學研究中最常用的技術，目前，在基礎研究及醫療領域顯露出廣泛的應用前景，極大地推動了核酸分析及臨床檢驗的發展，成為生命科學研究的基礎支撐技術。

　　基因測序技術的進展

　　1977年，Maxam和Gibert報道了通過化學降解測定DNA序列的方法，后來被Sanger法（雙脫氧鏈終止法）取代。在Sanger法的基礎上，20世紀80年代中期，出現了熒光自動測序技術。20世紀80年代末，又出現了雜交測序法，該方法采用標準化的高密度寡核苷酸芯片，檢測速度快，能夠大幅度降低檢測成本，但誤差較大，且不能重復測定。上述各種DNA測序技術統稱為第一代基因測序技術。

　　隨著人類基因組計劃的完成，傳統的測序方法已不能滿足大規模基因組測序的需求，這就促進第二代基因測序技術（NGS）的誕生。該技術提供了一種與基因芯片技術互為補充的新的高通量工具，能對一個物種的基因組和轉錄組的全貌進行全面細致的分析，故又被稱為深度測序。

　　NGS近年來發展很快，應用日益廣泛，在臨床上主要應用于尋找疾病的候選基因，可用于單基因病、復雜疾病（如糖尿病、肥胖癥等）甚至癌癥致病基因或易感基因的尋找。同時，極大地促進了胎兒游離DNA的實驗室研究和無創性產前基因診斷的發展。

　　但是，一代和二代基因測序技術存在依賴于模板擴增以及序列讀長限制等缺點，為補充和進一步完善測序技術，科研人員又研發出第三代基因測序方法——單分子測序技術。

　　三代基因測序技術有各自的優勢。目前，NGS以高通量、低成本、重復性好的特點被廣泛應用于臨床實踐中。

　　國內外監管及使用情況

　　2013年11月，Illumina公司宣布，MiSeqDx臺式新一代測序儀及配套試劑盒通過美國FDA審批，成為全球首個獲得FDA臨床認證的NGS平臺。

　　2017年6月，美國FDA又批準了首個基于NGS，可以分析3種非小細胞肺癌治療中反應變化的伴隨診斷試劑盒，這是FDA批準的第一個可篩查多個標志物的腫瘤二代基因測序檢測。

　　同年11月，FDA宣布已批準紀念斯隆·凱特琳癌癥研究中心（MSK）基于NGS的癌癥基因檢測分析平臺MSK-IMPACTT。在審評過程中，FDA把美國紐約州衛生部作為其第三方評審機構。這項改革反映了FDA越來越重視對注冊申請人和臨床檢測機構的審評和入市要求，越來越關注臨床檢測機構的整體服務和服務結果。

　　2018年4月，FDA則發布了《基于NGS的遺傳性疾病體外診斷指南》和《使用公共人類遺傳差異數據庫來支持基于NGS的體外診斷的臨床有效性》兩份指南文件，這是FDA首次正式發布的NGS指南，標志著美國對NGS的監管進入成熟階段。

　　目前，NGS在我國被廣泛應用于臨床實踐，包括實體瘤分析、血液腫瘤分析、遺傳病分析和傳染病分析、無創產前檢測、胚胎植入前遺傳學診斷/篩查等。為確保安全，2014年2月，國家藥品監管部門和國家衛生行政主管部門暫停了臨床二代測序檢測，并聯合發布通知明確指出，基因測序產品需經國家藥品監管部門審批注冊。

　　2016年8月，中檢院發布NGS檢測試劑質量評價通用技術指導原則，主要針對NGS檢測試劑產品質量提出指導性要求。該指導原則是對企業和檢驗人員的指導性文件，不包括注冊審批所涉及的行政事項，亦不作為法規強制執行。同時，中檢院還提供了5個與高通量測序相關的國家參考品。

　　為加強對醫療器械產品注冊工作的監督和指導，進一步提高注冊審查質量，國家藥品監管部門組織制定了胎兒染色體非整倍體（T21、T18、T13）檢測試劑盒（高通量測序法）注冊技術審查指導原則，并于2017年3月30日發布。

　　近幾年，國家藥品監管部門為了應對不斷涌現的創新技術和不斷增長的臨床需求，已經推行了多個特殊審批通道加速相關產品的審批，但產品仍然需要達到準確性和臨床獲益這兩項要求才有可能進入通道。

　　基因檢測監管亟須完善

　　目前，臨床用NGS已經商業化，并逐漸走向成熟，國內外許多公司正積極開發和商業化更多臨床實驗室的應用產品。所以，我國亟須建立符合國情的二代基因測序儀的強制性技術標準，以規范儀器的研究和開發。

　　NGS在臨床應用中的儀器設備復雜，檢測試劑需要根據不同檢測方法配制，操作技術難度較大，對操作人員技術能力要求高，對結果解釋的臨床水平要求也非常高。因此，這類檢測項目需要檢驗部門自建檢測方法（Laboratory Developed Tests，簡稱“LDT”），但僅限于在部門內部使用，不作為商品出售給其他醫學檢驗部門、醫院及個人。

　　在美國，FDA負責LDT上市前審批，包括分析性能評估和臨床應用評估，而醫療保障服務中心負責醫學檢驗實驗室操作、檢測過程和人員能力的監管。最初，FDA把LDT歸入Ⅰ類體外診斷產品范疇。隨著科技的發展，誕生了基于基因檢測的LDT后，FDA于2014年10月正式發布了《LDT監督管理框架草案》。根據該草案，FDA參考現行的體外診斷管理規范對LDT進行嚴格的監管。

　　我國目前還沒有關于LDT明確的定義及范圍，盡管國家藥品監管部門批準了一些個體化的醫學檢驗檢測項目，但仍有許多實驗室使用自配試劑或自建實驗方法。同時，我國現有的檢驗項目注冊審批制度和收費管理制度也在很大程度上影響了LDT在臨床應用中的時效性。因此，單純強調必須完全采用得到批準的商品化檢測試劑（方法）將阻礙這些新技術新項目的臨床應用，并影響對疾病發生發展的進一步深入認識和理解，也影響臨床醫學科學的進一步發展。

　　為此，2016年3月，原國家衛生計生委辦公廳在關于臨床檢驗項目管理有關問題的通知中強調，對臨床意義明確、特異性和敏感性較好、價格效益合理的臨床檢驗項目，應當及時論證以滿足臨床需求；通過合理設置審核程序，優化流程，提高效率，便于符合臨床需求的檢驗項目及時得到應用。這相當于為臨床實驗室自建項目開啟綠色通道。

　　隨著基因檢測技術的不斷發展和臨床需求的不斷擴大，未來我國基因檢測的監管需要國家藥監局和衛健委的協作配合，共同完善未來我國對基因檢測的監管，在安全有效的前提下，逐步放開和鼓勵有條件的醫學檢驗部門適當發展LDT，滿足日益增長的個體化醫學和精準醫學的臨床需求。

　　（本文摘編自《中國藥事》2018年11月第32卷第11期，作者：劉可君 郭世富 崔樂 黃穎）

來源：中國醫藥報