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“草堆里找針”XNA技術可以找到癌癥泄漏到血液里的蛛絲馬跡

   日期:2017-12-06     瀏覽:146    
核心提示:發布日期:2017-12-06 2017年11月20日,帝基生物(DiaCarta)宣布完成最新

發布日期:2017-12-06

2017年11月20日,帝基生物(DiaCarta)宣布完成最新一輪融資,募集3億元資金。本輪投資由FFC領投,投資方還包括GHC資金。帝基生物創始人及董事長張愛國博士表示,此次融資募集的資金將用于支持全球市場開拓、重大項目戰略合作、新產品開發、FDA及CFDA申報。

在精準醫療崛起的今天,以循環腫瘤DNA(ctDNA)為基礎的液體活檢逐漸成為腫瘤診療的重要組成部分。在目前這種沒有統一行業標準的情況下,時不時會有醫生遇到這樣的情況:同一腫瘤患者同一批外周血樣本,送給兩個不同的第三方檢測機構檢測,得到的檢測結果卻截然相反。

「前不久我們遇到一個腦癌轉移患者,某第三方檢測機構檢測結果為陰性,沒有有效的用藥靶點。在患者病情惡化,家屬開始準備后事之際,他們抱著一線希望寄了5毫升血到我們公司來。經過我們的努力,很快找出靶向基因突變,臨床醫生和我們的臨床試驗主任針對這些靶向,分析找到了對癥的靶向藥物,及時送到了病人手里。」張愛國博士說,「根據這個病人家屬后來的信息可以看到,奇跡發生了,病人的積水和晚期腫瘤已經得到了明顯的好轉。 」

在張愛國博士看來,在血液游離DNA中找到跟腫瘤相關的ctDNA,猶如在一個干草堆里找繡花針,對檢測技術要求極高。

他認為,基于NGS的液體活檢技術都是把「草」和「針」一起放大,由于「草」在含量上本身就占優勢,所以「草」被放大的機會更多。雖然我們的目的是想把「針」找出來,但是放大的過程中,「草」增加的更快,這樣一來,實際上干擾越來越多。「這個問題不解決,不管你用什么測序方法,面臨的問題都是一樣的」,張愛國博士說。

為了解決這一問題,很多液體活檢公司都開發了自己的ctDNA富集技術,但很少有企業能取得很大的突破,實現在提高準確度的同時,降低檢測成本。去年,來自猶他大學和華盛頓大學的研究人員在《PLOS Genetics》(1)上發表文章稱,相較于正常細胞的DNA片段,源自腫瘤的ctDNA似乎更短。如果這一現象被廣泛證實,會給液體活檢技術帶來巨大的提升。

在2012年的時候,帝基生物想用自己手中的信號放大技術解決這個難題,但是他們很快發現,他們那時的技術也很難解決這個問題。

「恰好在那個時候,我們的首席科學家Michael J. Powell進公司了,當時我們也不知道應該用什么樣的技術。后來我就跟Powell交流,說我們公司現在遇到了這個瓶頸,我也跟他說了『草』和『針』的困境。我問他,我們究竟如何才能抑制住『草』,可以單獨把『針』放大。」張愛國博士說。

 

帝基生物的團隊成員

Powell博士是一個非常有名的化學家,他在結構化學上面,尤其是PNA(肽核酸,是一種DNA類似物,PNA可以特異性地與DNA或RNA雜交,形成非常穩定的復合體)嵌合互補上有非常高的建樹。Powell當時就建議利用核酸類似物嵌合正常的DNA片段,阻止其復制。但是當他們把市面上所有可以抑制的技術都嘗試了,結果效果都不理想。

「既然市面上沒有我們需要的東西,那我們就關起門來自己倒騰了。」張愛國博士說,「大概花了半年多的時間,終于找到了新的化合物,大概在2013年底我們推出了QClamp XNA技術。推出來以后,我們就開始做臨床論證,后來發現XNA的確是個很好的東西。」

根據帝基生物提供的數據,使用QClamp XNA技術之后,基于NGS的等位基因中突變占的百分數(VAF%)最高可以提升十余倍(下面的數據是一家美國國際知名的測序試劑供應商對XNA驗證的結果)。同時,由于XNA對正常DNA片段的抑制,液體活檢的測序深度可以大幅降低。

「使用我們的技術之后,不僅大大提高靈敏度和特異性,同時成本也可以大幅降低,因此,我們的產品可以做到比市場價低得多,具有很高的性價比,使得精準醫療讓普通大眾都能承受的起。可以說這是個Game-changing的突破。」張愛國博士說。

 

那么,看上去這么厲害的XNA到底是個啥?

XNA是Xeno-Nucleic Acids的首字母縮寫,我們就當他是核酸類似物就好了,它是一大類物質的統稱,例如PNA、LNA、TNA、GNA、CeNA和HNA等等(你現在一定明白它為啥叫XNA了)。XNA這個名字最早是由Piet Herdewijn和Philippe Marliere于2009年提出的(2)。雖然名字很新,但是XNA這一類化合物的研究歷史卻很悠久。帝基生物首席科學家Powell博士擅長的PNA是1991年丹麥有機化學家Peter Nielsen團隊合成的(3), Nielsen 博士也是DiaCarta 的科學顧問,并和Powell 博士有歷史悠久合作關系。Powell 博士也是第一位科學家把PNA應用于基因檢測領域(6)。

XNA實際上跟DNA和RNA差不多(4),簡單地說,就是在DNA上加點化學基團,或者去掉一些化學基團,又或者更換一些化學基團。這些改變上看上去很小,但是對它們的化學性質卻產生了巨大的影響。

「我們閉關的那段時間里,我們一直在做一件事,就是把組成DNA的一個核酸上的一個化學結構替換了(5)。」張愛國博士說,「這個結構的變化,導致DNA熔點的劇烈變化,一旦結合到不攜帶特定基因突變的DNA片段,就很難讓它們分開了。這樣一來,就把所有的沒有特定突變的基因全部都除掉了,目前市場上的技術(包括PNA)都不能達到完全抑制干擾的效果。這就是個革命性的突破。」

實際上,帝基生物的QClamp XNA設計思想并不復雜, 因為XNA的主要任務是阻止沒有突變的DNA片段復制,因此,他們就針對目前已經有臨床意義的突變位點設計XNA。相對于突變位點而言,XNA只與沒有發生突變的位點結合,而且這種結合可以用「不可逆」來形容,一旦結合上去,沒有突變的DNA片段就被「鎖住了」,就不能復制了,只有攜帶突變位點的ctDNA片段可以復制。

 

XNA的富集ctDNA的機制

當然,要把QClamp XNA做到完美并且能和成千上百個PCR探針組結合運用而不相互干擾并非一件容易的事。具張博士透露,市面上有些同行試圖效仿他們的技術,但都沒有什么好的結果,只好又過來和他們談合作。

相較于從血液所有DNA片段中富集ctDNA,XNA技術通過抑制正常DNA片段的復制,達到只放大ctDNA的目的,顯然是從另一個角度思考問題。「這個技術是一個反向思維,任何一個技術突破墨守成規是很難得到突破的。」張愛國博士在2016年奇點全球創新醫療大會上說。

顯然,XNA本身不是用來發現新的基因突變,而是如果某個突變點有臨床意義了,研究人員就可以根據這個位點設計XNA,做成診斷試劑盒。當然,如果需要監測多個基因的多個位點,只需要多設計幾個XNA就好了,目前研究人員已經可以實現同時完成上百個位點的檢測。用XNA去掉血漿DNA中的「草」之后,接下來做qPCR或者NGS都可以。

據了解,帝基生物團隊已經給所有有臨床意義的突變位點都設計了合適的XNA,并申報了專利。

目前,基于QClamp XNA技術的多個產品已經開始臨床研究及運用了。其中檢測腸癌的產品叫ColoScape,初步的臨床研究結果已經出爐并已經獲得歐盟論證(CE-IVD), 在歐洲及其它新興國家開始推廣。在與獲得FDA批準的檢測產品Cologuard(美國Exact Sciences公司))較量中,帝基生物的ColoScape表現明顯優于Cologuard。尤其是在早期腸癌的篩查上。

德國坡茨坦大學Bettina Scholtka教授和她的團隊通過十幾年努力和臨床驗證,發現20個突變和大腸癌有直接相關。帝基生物獲得了全球獨家專利權后,整合了自身的XNA技術開發出了ColoScape檢測產品并申請了新的全球專利,可以從糞便或血液樣本DNA中檢測。

 

帝基生物的ColoScape與獲FDA批準的Cologuard在腸癌檢測的比較

「我們非常高興地發現,這個突變對于早期癌癥的靈敏度遠遠高于目前市場上其他同類產品。」張愛國說,「FDA批準的技術Cologuard,對一期以后的靈敏度是92%以上,我們的檢測技術是95%以上;尤其對癌前息肉,Cologuard達到42%,我們技術達到62%以上;目前市場上有些宣傳特異把癌前和癌變后的檢測靈敏度混為一談,是不準確的;Cologuard需要把全美的樣本寄到檢驗中心,兩到三周才能檢測出結果,并需要500多美金檢測一次,而我們的技術是定量PCR產品可在任何檢測實驗室操作,當天出報告;同時在成本上也只是它的幾分之一。此外,在和前浙大校長鄭樹教授合作過程中發現,我們的ColoScape血液基因檢測更好地運用于大腸癌手術和治療后的跟蹤和監控。」

今年,遠在大洋彼岸的帝基生物已經在南京建立了一個實驗室,正式在國內落地。帝基生物已經與國內多家醫院及研究機構建立和合作關系,希望能用他們優秀的技術造福國民。

來源:奇點網(微信號:geekheal_com)

 
 
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